Variant BA.5 du Covid : quels sont les symptômes ?


VARIANT BA.5. Avec la 7e vague de Covid-19, le seuil des 150 000 morts du coronavirus en France a été dépassé. Le sous-variant BA.5 est majoritaire. Mais quels sont ses symptômes ?

[Mis à jour le 15 juillet 2022 à 14h24] En France, l’épidémie de Covid-19 se poursuit, avec une septième vague importante, qui pèse sur le système hospitalier. Jeudi 14 juillet 2022, selon les informations de Santé Publique France, le taux d’incidence augmente de façon moins rapide dans l’Hexagone, mais les nouvelles admissions en soins critiques et à l’hôpital sont en forte hausse. Le nombre de cas est en augmentation dans tous les départements de France. En une semaine, les passages aux urgences pour suspicion de Covid-19 ont augmenté de 23% et les hospitalisations de patients atteints du coronavirus sont en hausse de 19%. Enfin, les admissions en services de soins critiques ont aussi augmenté de 22% en sept jours. Derrière ces chiffres, se cache le variant BA.5, sous-lignage d’Omicron,  qui représente 72% des séquences interprétables selon Santé publique France (SPF).

Dans un rapport précédent, SPF montrait combien le variant BA.5, sous-variant d’Omicron, était responsable d’une grande partie des réinfections. Ainsi, la septième vague est due à des personnes malades qui contractent Omicron, après l’avoir déjà attrapé précédemment. “Au vu […] des caractéristiques des sous-lignages BA.4 / BA.5, désormais majoritaires, il faut s’attendre à ce que la fréquence des réinfections continue d’augmenter dans les prochaines semaines”, alertait Santé Publique France. Alors même que la France fait face à une septième vague, un nouveau variant a été découvert en Inde. Il s’agit de BA.2.75. Comme l’explique un article du Huffington Post, ce variant dérive de BA.2, ce qui fait craindre un échappement immunitaire ou une plus forte transmissibilité. Ce nouveau variant est en ce moment surveillé.

Le point épidémiologique du 14 juillet est le 124e effectué par Santé Publique France. En semaine 27, soit du 4 au 10 juillet 2022, la circulation du SARS-CoV2 s’est intensifiée en métropole, avec de nouvelles hospitalisations (+19%), et des décès en hausse (+12%). Si l’insuffisance de la vaccination chez les plus âgés et les plus vulnérables est en cause, l’organisme de santé identifie un autre effet accélérateur : la poursuite de l’augmentation de la proportion du sous-lignage d’Omicron BA.5, déjà identifié comme majoritaire lors d’un point effectué le 20 juin (nommé enquête Flash S25). Celui-ci représente désormais 72% des séquences interprétables, “contre 9% pour BA.2.”, est-il précisé. BA.5 a ainsi remplacé BA.2 Le taux d’incidence et les hospitalisations ont particulièrement augmenté chez les 90 ans et plus et SPF rappelle que “seuls 37,1% des 80 ans et plus et 44,1% des résidents en EHPAD qui y étaient éligibles avaient reçu la seconde dose de rappel”. 

“Le virus ne prend pas de vacances”. L’avertissement est signé Benjamin Davido, infectiologue et référent Covid-19 à l’hôpital Raymond Poincaré de Garches (Hauts-de-Seine). Depuis le mois de juin, il prend la parole dans les médias pour mettre les Français en garde sur ce variant Omicron qui, renforcé par ses sous-lignages, pourrait mettre en péril les festivités estivales. Depuis quelques jours, les Français sont incités à respecter les gestes barrières et à garder le masque en présence de personnes fragiles, dans les espaces fermés, dans les transports ou lors de grands rassemblements. 

À quoi correspondent les variants BA.4 et BA.5 du Covid ?

BA.4, BA.5… Des appellations dignes d’un formulaire administratif à remplir. Pourtant, il s’agit bien d’un des nombreux noms de la maladie du coronavirus. En réalité, les variants BA.4 et BA.5 sont des sous-variants du variant Omicron, qui s’est imposé en France dans le courant de l’année 2022, comme l’ont indiqué les scientifiques. Leur nom est issu d’une des nomenclatures du Covid, la nomenclature Pango, BA.5 étant en réalité un alias de B.1.1.529.5, soit un des descendants d’Omicron (B.1.1.529, alias BA.1).

Concrètement, les variants BA.4 et BA.56 sont issus d’une mutation du virus sur certains aspects, sans qu’une différence réellement significative par rapport au variant Omicron d’origine ne soit détectée. C’est une mutation de mutation. Un des aspects de ces sous-variants est le retour de la mutation L452R, présente dans le variant Delta, mais qui ne l’était pas dans les premiers sous-variants d’Omicron. Un détail qui a pu faire craindre l’arrivée d’un variant recombinant surpuissant voire d’un “Deltacron”. Mais cette mutation est désormais commune à de nombreux variants du Covid. L452R est notamment associée à une transmissibilité encore accrue du virus, lui permettant de mieux s’accrocher aux cellules pour se répandre plus facilement. Les variants BA.4 et BA.5 ont été classés dans les “variants d’intérêts” par l’Organisation mondiale pour la santé (OMS)

Quelle est l’origine des variants BA.4 et BA.5 ?

Si les sous-variants BA.4 et BA.5 sont désormais bien présents en France, c’est bien loin de l’Hexagone qu’ils trouvent leur origine. Le BA.4 et le BA.5 ont en effet été détectés pour la première fois en Afrique du Sud ; la date de leur identification est encore en débat : janvier/février selon Pango et l’ECDC, en avril selon Santé Publique France. L’OMS commence à y faire référence dans ses bulletins au milieu du mois d’avril. De fait, rien ne permet d’affirmer qu’ils sont apparus en Afrique du Sud. Ce n’est que grâce aux séquençages réalisés par les scientifiques locaux qu’ils ont pu être isolés, sans pour autant offrir un éclairage sur leur origine exacte. Ils se sont ensuite diffusés au Portugal, entraînant une nouvelle vague de Covid-19 en mai dernier.

Quels sont les symptômes des variants BA.4 et BA.5 ?

C’est la grande question depuis l’apparition de la pandémie de Covid-19 : comment savoir si on a contracté ou non le virus ? Dans un rapport de Santé publique France publié à la mi-juin, des symptômes des sous-variants BA.4 et BA.5 du Covid ont été en partie détaillés et distingués des variantes antérieures du virus. Cette analyse, menée à l’aide d’un questionnaire auprès de 73 cas d’infection par le variant BA.4 (67 cas confirmés et 6 cas possibles) et 228 cas d’infection par le variant BA.5 (210 cas confirmés et 18 cas possibles), établit que “les signes cliniques les plus fréquents étaient asthénie/fatigue (75,7%), toux (58,3%), fièvre (58,3%), céphalées (52,1%) et écoulement nasal (50,7%)”.

“Les cas de BA.4 et BA.5 présentaient plus fréquemment que les cas de BA.1 un écoulement nasal” écrit encore l’agence de santé publique., mais aussi des “nausées/vomissements”, parfois une diarrhée, une agueusie (perte du goût) et une anosmie (perte de l’odorat). Des symptômes du Covid bien connus, pourtant moins fréquents depuis l’apparition d’Omicron. “La durée médiane des signes était de sept jours […], soit plus longue que pour les cas de BA.1 (quatre jours)”, signale aussi Santé Publique France, qui conclut :  “la probabilité de présenter anosmie et agueusie, mais aussi nausées, vomissements et diarrhée était plus élevée pour les cas de BA.4/BA.5 par rapport à ceux de BA.1. Les cas de BA.4/BA.5 ont aussi déclaré une durée des signes cliniques plus longue”.

Voici la liste des symptômes les plus fréquents des sous-variants BA.4 et BA.5 du Covid, établis à ce stade par Santé publique France (à partir de 288 cas renseignés) :

  • Asthénie/fatigue : 75,7% (contre 56,2% pour le sous-variant BA.1)
  • Toux : 58,3% (contre 50,9%)
  • Fièvre : 58,3% (contre 47,7%)
  • Céphalées (maux de tête) : 52,1% (contre 43,1%)
  • Écoulement nasal : 50,7% (contre 26,3%)
  • Myalgie (douleurs musculaires) : 41,0% (contre 38,1%)
  • Maux de gorge : 39,6% (contre 31,3%)
  • Nausée/Vomissements : 18,4% (contre 7,1%)
  • Sensation de fièvre : 18,1% (contre 12,5%)
  • Ageusie : 17,0% (contre 8,9%)
  • Anosmie : 16,7% (contre 8,2%)
  • Essoufflement : 15,3% (contre 8,5%)
  • Diarrhée : 15,3% (contre 6,0%)
  • Dyspnée : 7,6% (contre 2,5%)
  • Rhume : 1,0% (contre 0,4%)
  • Vertiges : 0,7% (contre 0,4%)

Les variants BA.4 et BA.5 sont-ils plus contagieux ?

Alors que le variant Omicron avait été présenté comme dangereux par les autorités compte tenu de son caractère particulièrement transmissible, ses sous-variants BA.4 et BA.5 auraient, eux aussi, la faculté de se transmettre facilement entre les hommes, selon les premières analyses, commentées par Santé publique France. “Cependant, ces calculs sont basés sur un petit nombre de cas et il existe un degré élevé d’incertitude”, tempère l’organisme. Des analyses sont en cours pour évaluer davantage la transmissibilité de ces sous-variants, notamment en cherchant s’ils parviennent à échapper ou non au vaccin.

Le remplacement progressif de BA.2 par BA.5, qui représentait moins d’un quart des cas dans les enquêtes “Flash” de Santé publique France début juin et dépasse désormais les 50% est un signe qui ne trompe pas. Ces “dynamiques de diffusion” de BA.2 par BA.5 “suggèrent […] qu’ils possèdent un avantage par rapport à BA.2”, écrit l’agence de santé. Elle cite des travaux menés en mai 2022 par son homologue anglo-saxonne (la “UK Health Security Agency” ou UKHSA), qui suggèrent que les taux de croissance de BA.4 et BA.5 seraient “similaires à ceux de BA.2 par rapport à BA.1”. Or on sait que BA.2 a très rapidement supplanté le sous-variant BA.1 d’Omicron au tout début du printemps dernier.

Quelle dangerosité pour les variants BA.4 et BA.5 ?

Pour l’heure, les scientifiques manquent de recul quant à la dangerosité intrinsèque des deux sous-variants BA.4 et BA.5. Toutefois, les premiers éléments communiqués par Santé publique France indiquent qu’aucune “augmentation de la sévérité” n’a été observée entre ces sous-variants et leurs prédécesseurs, touchant principalement les personnes à risques, comme pour les autres variants du Covid.

Dans son rapport de la mi-juin, Santé publique France écrit que “les données accumulées dans plusieurs pays n’ont pas observé d’augmentation de la sévérité associée à BA.4 et BA.5”. Est convoqué cette fois un rapport du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) du 13 juin qui ne rapporte aucun signal d’une infection plus dangereuse. Pour rappel, l’émergence d’Omicron fin 2021 avait coïncidé avec une diminution importante du taux d’hospitalisation par rapport aux autres variants, notamment au variant Delta. Mais SPF prévient : “Cette sévérité moindre est portée en partie par l’immunité préexistante dans la population, qui reste protectrice contre les formes sévères. Une étude plus récente, menée aux États-Unis (voir l’étude publiée dans The Lancet – NDLR) a estimé, après correction de cofacteurs (tels que la date du test, l’âge, le sexe, l’ethnie, la région de résidence, le statut vaccinal et les antécédents d’infection), des risques d’hospitalisation et de décès presque identiques entre la vague Omicron et les vagues précédentes, concluant à une “sévérité intrinsèque d’Omicron similaire aux variants précédents.”

L’observation des vagues épidémiques provoquées par les variants BA et BA.5 du Covid en Afrique du Sud et au Portugal dernièrement augurent d’une vague courte et avec un “impact hospitalier limité”. Pour autant, certains scientifiques estiment que cette forte propagation des sous-variants s’explique par leur forte capacité à échapper à la réponse immunitaire. En outre, ils perçoivent ses symptômes comme plus virulents et plus tenaces que ceux de la forme initiale d’Omicron : pour Yannick Simonin, virologue et enseignant-chercheur à l’université de Montpellier, dans l’Hérault, les principaux symptômes associés à BA.5 sont “assez classiques pour Omicron”, soit “la fatigue, la toux, la fièvre et les maux de tête”, mais il explique que la “probabilité de présenter des pertes du goût ou de l’odorat” est “plus élevée qu’avec BA.2” (des propos tenus lors de son entretien avec Ouest France). “Les personnes infectées présentent également des nausées, des vomissements et des diarrhées à des fréquences plus importantes”, a-t-il précisé. Il parle aussi d’une durée de symptômes “plus longue”, qui se situe autour de sept jours, contre quatre jours pour les sous-variants précédents.

En revanche, pas de mortalité plus élevée avec BA.5 : le spécialiste rappelle que les sous-lignages d’Omicron ne provoquent généralement pas de formes graves de la maladie. Pour le Dr Charles-Henry Guez, médecin généraliste et Vice-président du Syndicat des médecins libéraux (URPS), cette contagiosité n’est pas nécessairement dangereuse. Comme il l’expliquait sur BFM-TV le 4 juillet, sa circulation élevée est surtout liée à sa nouveauté : “Dès que nous l’aurons un peu mieux connu, sa virulence va diminuer”. Il y voit surtout les “symptômes d’un gros rhume”, incluant de la température, un mal de tête et de la fatigue. La vigilance et la prudence sont donc de mises concernant ce variant : du moment que les gestes barrière sont respectés, il n’y a priori pas lieu de s’inquiéter outre mesure.

Quelle efficacité des vaccins face aux variants BA.4 et BA.5 ?

Alors que des appels à recevoir une nouvelle dose de rappel du vaccin contre le Covid sont multipliés ces derniers jours, l’efficacité des vaccins face aux sous-variants BA.4 et BA.5 semble incertaine. Une étude publiée dans The New England Journal of Medicine explique que “BA.4 et BA.5 échappent de manière significative aux anticorps neutralisants induits à la fois par la vaccination et l’infection.” Les anticorps générés par l’infection sont également moins importants qu’avec les autres variants. “Ce qui suggère que le variant Omicron a continué d’évoluer avec une capacité accrue d’échappement immunitaire”, est-il ajouté. De nouveaux vaccins adaptés devraient ainsi voir le jour. Pfizer et Moderna travaillent en tout cas en ce sens.

En attendant, les autorités françaises, par la voix de Santé publique France, une fois encore, continuent à souligner que les “estimations d’efficacité vaccinale (EV) sont toutes en faveur d’une protection limitée contre l’infection, mais [que] la protection reste très élevée contre les formes graves, surtout avec une dose de rappel”. Le président du Conseil scientifique Jean-François Delfraissy a indiqué jeudi 30 juin au micro de RTL qu’il fallait se faire vacciner avec la 4e dose “dès maintenant, sans attendre septembre octobre”, pour les plus de 60 ans et les personnes à risque. Selon lui, les vaccins restent efficaces contre les formes graves provoquées par le variant BA.5.

Variant BA.5 du Covid : quels sont les symptômes ?